Von: Seitel, Alexander Gesendet: Dienstag, 13. Februar 2018 09:02 An: März, Keno Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport Danke, Keno! @Thomas, Franz: Hättet ihr heute nochmal kurz Zeit um zu entscheiden, wie wir nun am besten vorgehen? Am einfachsten und wohl auch performantesten scheint mir zu sein, ein zweites Bild als Output in die USImageSource einzubauen und nicht von itk::ProcessObject zu erben. Grüße Alex Von: März, Keno Gesendet: Montag, 12. Februar 2018 10:02 An: Seitel, Alexander Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport Hallo Alex, Oh mann, lange ist es her =) Ja, das waren Performancegründe. OpenCV Images sind prinzipiell viel schneller bearbeitet als ITK Images, und wir wollten die Möglichkeit offen halten, dass man Bildvorverarbeitung mit OpenCV durchführt. Zumindest auf dem damaligen Rechner hat uns das auch ein paar FPS eingebracht, obwohl wir nur nach schwarzweiß konvertiert und gecroppt haben. In meinem MITK-US Paper ist das auch näher beschrieben. Das US Video Device hat deshalb so eine art command pattern eingebaut, bei dem man open CV Verarbeitungsbefehle stacken kann, bevor das Bild in MITK überführt wird. Man könnte diese Funktionalität auch extrahieren und in einen eigenen Filter bereitstellen. Viele GRüße, Keno Von: Seitel, Alexander Gesendet: Montag, 12. Februar 2018 09:43 An: März, Keno Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport Hi Keno, vielleicht kannst du uns da noch weiterhelfen. Weißt du noch aus welchem Grund die mitk::USImageSource damals nicht als Quelle einer ITK Filter-Pipeline implementiert wurde? War das aus Performancegründen? Wir sind bei Überlegungen zur Umstellung des UltrasoundSupport plugins darüber gestolpert, da wir für die Potoakustik ein zweites Bild in der Source benötigen. Das wäre ja im itk Fall schon frei Haus. Danke schonmal Alex Von: Alfred Franz [mailto:a.franz@dkfz-heidelberg.de] Gesendet: Freitag, 9. Februar 2018 18:49 An: Seitel, Alexander; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias Cc: Sattler, Franz Betreff: Re: Plugin UltrasoundSupport Wenn, dann könnte es Keno wissen. Er hat das US-Modul ja ursprünglich implementiert... Am 09.02.2018 um 16:35 schrieb Seitel, Alexander: Ja, so hatten wir das gedacht, bzw. so ist es teils schon umgesetzt. Weißt du, wer das mit dem Filter noch wissen könnte? Keno vielleicht? Wäre schon gut zu erfahren ob’s da einen Grund gab bevor man sich an eine Umimplementierung macht. Grüße Alex Von: Alfred Franz [mailto:a.franz@dkfz-heidelberg.de] Gesendet: Freitag, 9. Februar 2018 16:17 An: Seitel, Alexander; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann, Matthias Cc: Sattler, Franz Betreff: Re: Plugin UltrasoundSupport Hallo, für mich hört sich das auf die Schnelle gelesen alles ganz sinnvoll an. Ich habe gerade eher keine Zeit weil ich bis Montag noch ~100 Klausuren korrigieren muss. Wegen dem Filter fällt mir kein Grund ein. Könnte man die Option mit dem zweiten Bild im US-Plugin nicht in den Settings ein-/ausschaltbar machen? Ein kleines Flag in der Updatemethode abzufragen kostet nicht viel und wir hätten im "Normalbetrieb" keine Performance- Einbußen. Viele Grüße, Alfred Am 09.02.2018 um 15:57 schrieb Seitel, Alexander: Hi Alfred, ich habe mich vorhin mit Thomas und Franz zusammengesetzt und über das UltrasoundSupport Plugin diskutiert. Der Hauptunterschied zum klassischen Ultraschall ist die Einführung eines zweiten Bildes, welches das Photoakustische Signal darstellt. Dadurch ist das Konstrukt mit mehreren Datenknoten entstanden. Wir haben lange überlegt, ob es nicht sinnvoll wäre den gesamten PA Teil in sein eigenes Plugin auszulagern. Gerade aber die Ansteuerung und Einstellung des PA Devices würde dann zu sehr viel dupliziertem Code führen. Daher sind wir erstmal so verblieben: 1. Wir sind uns einig, dass wir die Abhängigkeit zwischen UltrasoundSupport und PAUSViewer entfernen wollen. 2. Die Möglichkeit einer Source zwei Bilder zu erzeugen soll wenn möglich schöner gelöst werden. Momentan ist es so, dass die beiden 2D Bilder als Slices eines 3D Volumens gesehen werden und dann entsprechend rausgesliced werden. Schöner wäre natürlich, dass man wie bei ITK Filtern gleich mehrere Outputs der Sources zulässt. Momentan ist das Ganze allerdings nicht als richtige source implementiert. Weißt du noch warum? Performance-Gründe? Vielleicht macht‘s auch nochmal Sinn mit dir darüber kurz zu sprechen. Hättest du heute (also bald) oder am Montag Zeit dafür? @Thomas, Franz: bitte gerne ergänzen wenn ich was vergessen habe. Grüße Alex -----Ursprüngliche Nachricht----- Von: Kirchner, Thomas Gesendet: Dienstag, 30. Januar 2018 18:34 An: Seitel, Alexander; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann, Matthias Cc: Sattler, Franz Betreff: RE: Plugin UltrasoundSupport Hi Alex, du hast vollkommen Recht. Wir sehen da größtenteils die selben Probleme und sind uns bewusst dass wir an vielen Stellen ziemlich dreckige Sachen zusammen gehackt haben - das werden wir sehr gerne beheben. Das ganze sollte schnell funktionieren und nichts völlig kaputt machen - das habe ich auch Franz so aufgetragen - ist meine Schuld. Lass uns treffen wenn wir wieder voll angekommen sind. Viele Grüße aus SanFrancisco Thomas ________________________________________ From: Seitel, Alexander Sent: Tuesday, January 30, 2018 4:33 PM To: Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann, Matthias Subject: Plugin UltrasoundSupport Hi Leute, im Zuge der geplanten IGT Release habe ich mir gerade das Plugin UltrasoundSupport genauer angeschaut. Erfreulicherweise funktioniert dort das meiste – soweit ich das nach nur kurzem Testen beurteilen kann. Was mir allerdings aufgefallen ist, ist, dass mittlerweile eine sehr enge Verzahnung mit Features und Code, die spezifisch mit der Photoakustikanwendung zusammenhängen, besteht. Die Hauptänderung scheint mir zu sein, dass nun statt einem Datenknoten, der den ursprünglichen US Viewing Stream hält ein ganzer Vektor von Knoten entstanden ist, der es ermöglicht mehrere Einzelbilder zu halten. Damit einhergehend werden nun in der performance-kritischen UpdateImage() Methode zahlreiche for und while Schleifen durchlaufen. Außerdem wird – was meiner Meinung nach sehr unschön ist – das Plugin sogar dafür benutzt, um spezifische Einstellungen des plugins QmitkPAUSViewer zu setzen. UltrasoundSupport sollte dazu gedacht sein, ein einfaches Interface für Ultraschallsysteme bereitzustellen um somit eine performante (real- time) Anzeige von Ultraschallbilddaten zu ermöglichen. Ich verstehe, dass die Photoakustik sicherlich leicht andere technische Grundlagen hat, die mit diesen Änderungen abgebildet wurden. Das sollte jedoch nicht zu Lasten von Performanz gehen. Ich vermute die Abbildung der Photoakustik Spezifika wäre auch außerhalb des UltrasoundSupport plugins (z.B. in einem Verarbeitungsfilter) möglich. Bitte lasst uns das so bald wie möglich klären. Danke und viele Grüße nach San Francisco. Alex Dr. Alexander Seitel Computer Assisted Medical Interventions / E130 German Cancer Research Center (DKFZ) Im Neuenheimer Feld 280 69120 Heidelberg, Germany phone: +49 6221 42-3557 a.seitel@dkfz.de http://www.dkfz.de/en/cami/team/people/Alexander_Seitel.html [cid:image003.png@01D399E7.FE490610] Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta VAT-ID No.: DE143293537 Confidentiality Note: This message is intended only for the use of the named recipient(s) and may obtain confidential and/or privileged information. If you are not the intended recipient, please contact the sender and delete the message. Any unauthorized use of the information contained in this message is prohibited