Page MenuHomePhabricator
Files F964615

UltrasoundSupport_Discussion.txt
seitela (Alexander Seitel)
Actions

Authored By
seitela
Feb 13 2018, 7:21 PM
Size
8 KB
Referenced Files
None
Subscribers
None

UltrasoundSupport_Discussion.txt
View Options

This document is not UTF8. It was detected as ISO-8859-1 (Latin 1) and converted to UTF8 for display.
Von: Seitel, Alexander
Gesendet: Dienstag, 13. Februar 2018 09:02
An: März, Keno
Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas;
Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias
Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport
Danke, Keno!
@Thomas, Franz: Hättet ihr heute nochmal kurz Zeit um zu entscheiden, wie wir nun am besten
vorgehen? Am einfachsten und wohl auch performantesten scheint mir zu sein, ein zweites Bild als
Output in die USImageSource einzubauen und nicht von itk::ProcessObject zu erben.
Grüße
Alex
Von: März, Keno
Gesendet: Montag, 12. Februar 2018 10:02
An: Seitel, Alexander
Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias
Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport
Hallo Alex,
Oh mann, lange ist es her =) Ja, das waren Performancegründe. OpenCV Images sind prinzipiell
viel schneller bearbeitet als ITK Images, und wir wollten die Möglichkeit offen halten, dass man
Bildvorverarbeitung mit OpenCV durchführt. Zumindest auf dem damaligen Rechner hat uns
das auch ein paar FPS eingebracht, obwohl wir nur nach schwarzweiß konvertiert und gecroppt
haben. In meinem MITK-US Paper ist das auch näher beschrieben.
Das US Video Device hat deshalb so eine art command pattern eingebaut, bei dem man open
CV Verarbeitungsbefehle stacken kann, bevor das Bild in MITK überführt wird. Man könnte
diese Funktionalität auch extrahieren und in einen eigenen Filter bereitstellen.
Viele GRüße,
Keno
Von: Seitel, Alexander
Gesendet: Montag, 12. Februar 2018 09:43
An: März, Keno
Cc: Sattler, Franz; Franz, Alfred; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias
Betreff: AW: Plugin UltrasoundSupport
Hi Keno,
vielleicht kannst du uns da noch weiterhelfen. Weißt du noch aus welchem Grund die
mitk::USImageSource damals nicht als Quelle einer ITK Filter-Pipeline implementiert wurde? War das
aus Performancegründen? Wir sind bei Überlegungen zur Umstellung des UltrasoundSupport plugins
darüber gestolpert, da wir für die Potoakustik ein zweites Bild in der Source benötigen. Das wäre ja im
itk Fall schon frei Haus.
Danke schonmal
Alex
Von: Alfred Franz [mailto:a.franz@dkfz-heidelberg.de]
Gesendet: Freitag, 9. Februar 2018 18:49
An: Seitel, Alexander; Franz, Alfred; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Eisenmann, Matthias
Cc: Sattler, Franz
Betreff: Re: Plugin UltrasoundSupport
Wenn, dann könnte es Keno wissen. Er hat das US-Modul ja ursprünglich implementiert...
Am 09.02.2018 um 16:35 schrieb Seitel, Alexander:
Ja, so hatten wir das gedacht, bzw. so ist es teils schon umgesetzt.
Weißt du, wer das mit dem Filter noch wissen könnte? Keno vielleicht? Wäre schon gut
zu erfahren ob’s da einen Grund gab bevor man sich an eine Umimplementierung
macht.
Grüße
Alex
Von: Alfred Franz [mailto:a.franz@dkfz-heidelberg.de]
Gesendet: Freitag, 9. Februar 2018 16:17
An: Seitel, Alexander; Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann,
Matthias
Cc: Sattler, Franz
Betreff: Re: Plugin UltrasoundSupport
Hallo,
für mich hört sich das auf die Schnelle gelesen alles ganz sinnvoll an. Ich habe
gerade eher keine Zeit weil ich bis Montag noch ~100 Klausuren korrigieren
muss.
Wegen dem Filter fällt mir kein Grund ein.
Könnte man die Option mit dem zweiten Bild im US-Plugin nicht in den Settings
ein-/ausschaltbar machen? Ein kleines Flag in der Updatemethode abzufragen
kostet nicht viel und wir hätten im "Normalbetrieb" keine Performance-
Einbußen.
Viele Grüße,
Alfred
Am 09.02.2018 um 15:57 schrieb Seitel, Alexander:
Hi Alfred,
ich habe mich vorhin mit Thomas und Franz zusammengesetzt und über
das UltrasoundSupport Plugin diskutiert. Der Hauptunterschied zum
klassischen Ultraschall ist die Einführung eines zweiten Bildes, welches
das Photoakustische Signal darstellt. Dadurch ist das Konstrukt mit
mehreren Datenknoten entstanden. Wir haben lange überlegt, ob es
nicht sinnvoll wäre den gesamten PA Teil in sein eigenes Plugin
auszulagern. Gerade aber die Ansteuerung und Einstellung des PA
Devices würde dann zu sehr viel dupliziertem Code führen. Daher sind
wir erstmal so verblieben:
1. Wir sind uns einig, dass wir die Abhängigkeit zwischen
UltrasoundSupport und PAUSViewer entfernen wollen.
2. Die Möglichkeit einer Source zwei Bilder zu erzeugen soll wenn
möglich schöner gelöst werden. Momentan ist es so, dass die
beiden 2D Bilder als Slices eines 3D Volumens gesehen werden
und dann entsprechend rausgesliced werden. Schöner wäre
natürlich, dass man wie bei ITK Filtern gleich mehrere Outputs
der Sources zulässt. Momentan ist das Ganze allerdings nicht als
richtige source implementiert. Weißt du noch warum?
Performance-Gründe?
Vielleicht macht‘s auch nochmal Sinn mit dir darüber kurz zu sprechen.
Hättest du heute (also bald) oder am Montag Zeit dafür?
@Thomas, Franz: bitte gerne ergänzen wenn ich was vergessen habe.
Grüße
Alex
-----Ursprüngliche Nachricht-----
Von: Kirchner, Thomas
Gesendet: Dienstag, 30. Januar 2018 18:34
An: Seitel, Alexander; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann, Matthias
Cc: Sattler, Franz
Betreff: RE: Plugin UltrasoundSupport
Hi Alex,
du hast vollkommen Recht. Wir sehen da größtenteils die selben
Probleme und sind uns bewusst dass wir an vielen Stellen ziemlich
dreckige Sachen zusammen gehackt haben - das werden wir sehr gerne
beheben. Das ganze sollte schnell funktionieren und nichts völlig kaputt
machen - das habe ich auch Franz so aufgetragen - ist meine Schuld.
Lass uns treffen wenn wir wieder voll angekommen sind.
Viele Grüße aus SanFrancisco
Thomas
________________________________________
From: Seitel, Alexander
Sent: Tuesday, January 30, 2018 4:33 PM
To: Kirchner, Thomas; Groehl, Janek; Franz, Alfred; Eisenmann, Matthias
Subject: Plugin UltrasoundSupport
Hi Leute,
im Zuge der geplanten IGT Release habe ich mir gerade das Plugin
UltrasoundSupport<https://phabricator.mitk.org/source/mitk/browse/
master/Plugins/org.mitk.gui.qt.ultrasound/src/internal/UltrasoundSupp
ort.cpp> genauer angeschaut. Erfreulicherweise funktioniert dort das
meiste – soweit ich das nach nur kurzem Testen beurteilen kann. Was
mir allerdings aufgefallen ist, ist, dass mittlerweile eine sehr enge
Verzahnung mit Features und Code, die spezifisch mit der
Photoakustikanwendung zusammenhängen, besteht. Die
Hauptänderung scheint mir zu sein, dass nun statt einem Datenknoten,
der den ursprünglichen US Viewing Stream hält ein ganzer Vektor von
Knoten entstanden
ist<https://phabricator.mitk.org/source/mitk/browse/master/Plugins/o
rg.mitk.gui.qt.ultrasound/src/internal/UltrasoundSupport.cpp;5a4a7b7e
8b39c3d94e53c013c7a1a53dd0c5ad11$123>, der es ermöglicht
mehrere Einzelbilder zu halten. Damit einhergehend werden nun in der
performance-kritischen
UpdateImage()<https://phabricator.mitk.org/source/mitk/browse/mast
er/Plugins/org.mitk.gui.qt.ultrasound/src/internal/UltrasoundSupport.c
pp;5a4a7b7e8b39c3d94e53c013c7a1a53dd0c5ad11$252> Methode
zahlreiche for und while Schleifen durchlaufen.
Außerdem wird – was meiner Meinung nach sehr unschön ist – das
Plugin sogar dafür benutzt, um spezifische Einstellungen des plugins
QmitkPAUSViewer zu
setzen<https://phabricator.mitk.org/source/mitk/browse/master/Plugi
ns/org.mitk.gui.qt.ultrasound/src/internal/UltrasoundSupport.cpp;5a4a
7b7e8b39c3d94e53c013c7a1a53dd0c5ad11$108-116>.
UltrasoundSupport sollte dazu gedacht sein, ein einfaches Interface für
Ultraschallsysteme bereitzustellen um somit eine performante (real-
time) Anzeige von Ultraschallbilddaten zu ermöglichen. Ich verstehe,
dass die Photoakustik sicherlich leicht andere technische Grundlagen
hat, die mit diesen Änderungen abgebildet wurden. Das sollte jedoch
nicht zu Lasten von Performanz gehen. Ich vermute die Abbildung der
Photoakustik Spezifika wäre auch außerhalb des UltrasoundSupport
plugins (z.B. in einem Verarbeitungsfilter) möglich.
Bitte lasst uns das so bald wie möglich klären.
Danke und viele Grüße nach San Francisco.
Alex
Dr. Alexander Seitel
Computer Assisted Medical Interventions / E130
German Cancer Research Center (DKFZ)
Im Neuenheimer Feld 280
69120 Heidelberg, Germany
phone: +49 6221 42-3557
a.seitel@dkfz.de<mailto:a.seitel@dkfz.de>
http://www.dkfz.de/en/cami/team/people/Alexander_Seitel.html
[cid:image003.png@01D399E7.FE490610]
Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
VAT-ID No.: DE143293537
Confidentiality Note:
This message is intended only for the use of the named recipient(s) and
may obtain confidential and/or privileged information. If you are not
the intended recipient, please contact the sender and delete the
message. Any unauthorized use of the information contained in this
message is prohibited

File Metadata

Mime Type
text/plain
Storage Engine
blob
Storage Format
Raw Data
Storage Handle
313038
Default Alt Text
UltrasoundSupport_Discussion.txt (8 KB)

Event Timeline

MITK · MIC · IMSY · DKFZ